Unter 130.000 neu identifizierten RNA-Viren sind auch 9 SARS-CoV-2-Verwandte
Maria Weiß

Die Corona-Pandemie hat gelehrt, dass man gut daran tut, Viren im Auge zu behalten, um Gefahren rechtzeitig zu erkennen. Durch eine spezielle digitale Infrastruktur (Serratus) ist es Forschern jetzt gelungen, weltweit in Biobanken über 130.000 neue RNA-Viren zu identifizieren ? darunter auch 9 noch nicht bekannte Corona-Viren mit Ähnlichkeiten zu SARS-CoV-2.

Unmengen an Sequenzdaten Datenbanken
Die Vielfalt der Viren auf unserem Planeten ist unfassbar groß und nur ein Bruchteil des weltweiten ?Viroms? ist bisher bekannt. Neue Viruserkrankungen sind somit im Prinzip jederzeit möglich. Daher erscheint es sinnvoll die Diversität der global vorkommenden Viren in Datenbanken zu katalogisieren, die Wissenschaftlern frei zugänglich sind. Problematisch war aber bisher die schiere Menge von Datensätzen in weltweit verteilten öffentlich zugänglichen Sequenzdatenbanken.

Überall auf der Welt werden von biologischen Forschungsgruppen Seqenzdaten von Lebewesen in diese Datenbanken eingespeist ? ob aus Bodenproben im Regenwald oder Wasserproben der Tiefsee. Dabei gibt es viel ?Beifang? ? d.h. zufällig gefundene Sequenzen von Organismen, die nicht im Zentrum des jeweiligen Forschungsprojektes standen. Sequenzdaten liegen daher in den Datenbanken in der Größenordnung von Petabytes (d.h. Millionen von Gigabytes) vor, was selbst bisherige ?Supercomputer? überfordert.


Neue Infrastruktur ermöglicht Sequenzabgleich im Petabyte-Bereich
Einem internationalen Forschungsteam unter Beteiligung der Heidelberger Instituts für Theoretische Studien und des Max-Planck-Instituts für Biologie ist es jetzt gelungen, eine Cloud-basierte Infrastruktur (Serratus) zu entwickeln, die den Sequenzabgleich im Petabyte-Maßstab ermöglicht. Damit konnten 20 Millionen Gigabytes öffentlich zugänglicher Gensequenzen in 5,7 Millionen biologischen Proben auf das Vorhandensein von RNA-Viren untersucht werden.

132.000 neue RNA-Viren konnten so identifiziert werden ? das sind 10-mal mehr als die bisher bekannten Virusspezies. Darunter befanden sich auch 9 enge Verwandte von SARS-CoV-2, Viren mit hoher Ähnlichkeit zum Hepatitis-D-Virus und ganz neuartige Bakteriophagen.

Blick in die Zukunft: Blut in Minuten auf alle Viren scannen möglich?
Für diese Identifizierung hätte ein herkömmlicher ?Supercomputer? über ein Jahr benötigt und Kosten von hunderttausenden Dollar wären angefallen. Dank Serratus war dies in nur 11 Tagen und unter Einsatz von 24.000 Dollar möglich. Wenn ein Patient eine Infektion mit einem unbekannten Virus aufweist, würde es mit dem neuen digitalen Werkzeug nur 2 Minuten dauern, seine Blutprobe mit allen bisher nachgewiesenen Viren abzugleichen und eine mögliche Verbindung herzustellen.


Dieser Artikel ist im Original erschienen auf Coliquio.de .

Hmmm. Dass Leute, die noch einmal im Jahr Sex haben als sexuell aktiv bezeichnet werden mutet mir seltwürdig an. Aber da bin ich bakuninlob trotz meines sich allmählich der Zielgruppe nähernden biographischen Alters noch Jungspund.

https://deutsch.medscape.com/artikelansicht/4910872?uac=389796AZ&faf=1&sso=true&impID=4036123&src=WNL_mdplsfeat_220221_mscpedit_de#vp_

Michael van den Heuvel, Medscape

"In einigen Ländern seien hohe Impfquoten mit einer geringeren Gefährlichkeit der Omikron-Variante verbunden, so die Einschätzung von Tedros Adhanom Ghebreyesus. Dem WHO-Generaldirektor zufolge stürben Woche für Woche nach wie vor 70.000 Menschen an dieser vermeidbaren Krankheit. Und 83% der Einwohner Afrikas hätten noch nicht einmal die 1. Impfdosis gegen COVID-19 erhalten. Um ärmeren Ländern zu helfen, seien 16 Milliarden Dollar erforderlich ? für Tests, Masken und Vakzine.

Zuvor hatte Bundeskanzler Olaf Scholz (SPD) Forderungen nach der Freigabe von Impfstoff-Patenten eine klare Absage erteilt. ?Es geht ja darum, dass wir den großen Fortschritt, der zum Beispiel mit der Entwicklung der mRNA-Technologie verbunden ist, jetzt nicht verspielen?, sagte er nach einem afrikanisch-europäischen Gipfeltreffen in Brüssel. Dieser Fortschritt habe auch damit zu tun, dass Eigentumsrechte gewahrt blieben. Der Bundeskanzler kann sich jedoch vorstellen, dass Impfstoffe vor Ort produziert werden.

Im Schatten von Corona: Einbrüche bei der Krebs-Früherkennung
Analysen des Wissenschaftlichen Instituts der AOK (WIdO) zeigen teils starke Auswirkungen der Pandemie auf Früherkennungen. In 2020 ging die Früherkennung von Hautkrebs um 19,8% gegenüber 2019 zurück. Beim Mammografie-Screening sowie bei der Prostatakrebs-Früherkennung waren es jeweils minus 8,1% und bei der Früherkennung von Gebärmutterhalskrebs minus 5,5%. Lediglich bei Koloskopien zur Früherkennung von Darmkrebs verzeichnete das WIdO einen Anstieg um 2,1%. Das könnte an persönlichen Anschreiben gesetzlicher Krankenkassen, aber auch an mehr Berechtigten liegen: Seit Anfang 2019 haben Männer ab 50 statt ab 55 Anspruch auf die Leistung.

Ohne Früherkennung und ohne Diagnostik sind schwerwiegende Folgen zu befürchten. Die Auswertung von AOK-Abrechnungsdaten aus den Kliniken zeigt zwischen März 2020 und Juli 2021 einen Rückgang der Darmkrebs-OPs von 13% gegenüber 2019. Bei Brustkrebs-OPs sind es minus 4% ?Mittelfristig könnte sich dies in einem größeren Anteil höherer Schweregrade bei den Erkrankungen zeigen und auf die Sterblichkeit auswirken?, sagt WIdO-Geschäftsführer Jürgen Klauber.

Gerichtsurteil: 1 Dosis Johnson & Johnson gilt als vollständiger Schutz
Zu Beginn der Corona-Pandemie wurde in Deutschland das Vektorvirus-Vakzin von Johnson & Johnson häufiger verimpft; aktuell spielt es eine untergeordnete Rolle. Das Paul-Ehrlich-Institut bewertet den Schutz nach 1 Dosis als unvollständig. Betroffene ohne 2. Impfung ? idealerweise mit einem mRNA-Vakzin ? werden aus vielen Bereichen des Alltagslebens ausgeschlossen. Dagegen hat eine Frau aus Berlin geklagt ? mit Erfolg (Az. VG 14 L 15/22).

Das Verwaltungsgericht Berlin hat ihrem Eilantrag stattgegeben. Die Klägerin gilt mit 1 Dosis Johnson & Johnson jetzt als geimpft, wenn auch nicht als geboostert. In ihrer Begründung wiesen die Richter auf Formfehler hin. Über den Immunisierungsstatus entscheide die Bundesregierung, hieß es. ?Die Übertragung dieser Entscheidung auf das Paul-Ehrlich-Institut überschreitet die Grenzen der gesetzlichen Ermächtigung.? Eine Berufung gegen das Urteil ist möglich.

Viertimpfung: Geringer Nutzen für 50- bis 60-Jährige
Etliche Länder stellen sich die Frage, welchen Nutzen eine Viertimpfung tatsächlich zeigt. Die STIKO empfiehlt momentan eine 2. Auffrischungsimpfung frühestens 3 Monate nach der 1. Auffrischung, und zwar mit mRNA-Vakzinen. Als Zielgruppe werden u.a. Menschen ab 70, Bewohner von Alten- und Pflegeheimen und Patienten mit Immundefizienz genannt. Doch wie sieht es bei Jüngeren aus?

Eine neue Studie aus Israel zeigt, dass der Nutzen für 50- bis 60-Jährige geringer ausfallen könnte als erhofft. Von 1.050 medizinischen Angestellten wurden 154 in die BioNTech/Pfizer- und weitere 120 in die Moderna-Gruppe aufgenommen. 426 gleichaltrigen Personen kamen als Kontrollen mit hinzu. Sie hatten 3 Dosen des jeweiligen Vakzins erhalten, aber keine 4. Dosis.

Empfänger beider Impfstofftypen hatten innerhalb von 2 Wochen nach der Impfung einen 9- bis 10-fachen Anstieg der IgG- und der Neutralisierungstiter und einen 8-fachen Anstieg der Titer gegen biologisch aktive Omikron-SARS-CoV-2-Viren. Neutralisierende Antikörpertiter sanken jedoch rasch auf das Niveau von kurz nach 3. Impfung.

Durchbruchinfektionen waren häufig, meist sehr mild, jedoch mit hoher Viruslast. Die Wirksamkeit des Impfstoffs gegen Infektionen betrug in beiden Gruppen 30% bzw. 11%, verglichen mit Kontrollen.

?Diese Daten aus Israel sprechen eher gegen 4. Impfung für alle?, fasst Bundesgesundheitsminister Prof. Dr. Karl Lauterbach auf Twitter zusammen. Und der Immunologe Prof. Dr. Carsten Watzl aus Dortmund ergänzt: ?Neutralisierende Antikörper erreichen gerade wieder das Niveau von kurz nach 3. Impfung. Wenig Einfluss auf T-Zellen; Schutz vor symptomatischen Infektion nur 30-40%. Wenig Nutzen zur aktuellen Zeit mit aktuellem Impfstoff!?

Kommt das Omikron-Vakzin?
Aber selbst Omikron-Vakzine in Entwicklung werfen Fragen auf. Nach optimistischen Einschätzungen der Impfstoffhersteller macht sich jetzt Ernüchterung bemerkbar. BioNTech-Chef Uğur Şahin rechnet erst mit April oder Mai als Auslieferungstermin ? und nicht mehr Ende März. Zur Begründung sagte er, die Europäische Arzneimittelagentur (EMA) müsse länger als geplant auf zulassungsrelevante Daten warten. Und Moderna nennt den August als Zeitpunkt für Omikron-spezifische Booster.

Als Frage bleibt, ob das neue Vakzin nicht zu spät kommt. Deutschland hatte bereits während der Delta-Welle umfassende Schutzvorkehrungen getroffen; Omikron erreichte uns spät, verglichen mit anderen Nationen. Und die Zahl der Neuinfektionen entwickelt sich tendenziell rückläufig. Hinzu kommt, dass tierexperimentelle Studien bislang eher enttäuschend ausfallen. Demnach sind Omikron-spezifische Booster nicht signifikant effektiver als Auffrischungsimpfungen mit bereits zugelassenen Vakzinen.

Bereits zugelassene Vakzine erweisen sich gegen schweres COVID-19 als effektiv. Laut RKI-Wochenberichten liegt die Hospitalisierungsinzidenz für Geimpfte, Geboosterte bei < 5 Fällen pro 100.000 Personen, verglichen mit rund 20 bei Ungeimpften.

Neue RCT: Endgültiges Aus für Ivermectin
Gerade in Social Media hält sich das Gerücht, Ivermectin könne bei schwerem COVID-19 Symptome lindern, hartnäckig. US-weit schnellte die Zahl an Verordnungen zu Lasten privater Krankenversicherungen nach oben, wie Medscape im Blog berichtet hat.

Ergebnisse einer randomisiert-placebokontrollierten Studie lassen keinen Zweifel daran, dass Ivermectin als Therapeutikum wirkungslos ist. COVID-19-Hochrisikopatienten wurden im Verhältnis 1:1 randomisiert. Sie erhielten entweder oral Ivermectin, 0,4 mg/kg Körpergewicht täglich für 5 Tage plus Standardbehandlung (n = 241) oder die Standardbehandlung allein (n = 249). Als Standard definierten die Forscher eine symptomatische Therapie und Überwachung auf Anzeichen einer frühen Verschlechterung. Erfasst wurden klinische Befunde, Labortests und Thorax-Aufnahmen.

Von 490 in die Primäranalyse eingeschlossenen Patienten (mittleres Alter 62,5 Jahre; 54,5% Frauen) entwickelten 52 von 241 Patienten (21,6%) in der Ivermectin-Gruppe und 43 von 249 Patienten (17,3%) in der Kontrollgruppe schweres COVID-19. Als relatives Risiko (RR) geben die Autoren 1,25 an (95%-KI, 0,87-1,80; P=0,25).

ür alle vordefinierten sekundären Endpunkte gab es keine signifikanten Unterschiede zwischen den Gruppen. Mechanische Beatmung war bei 4 (1,7%) versus 10 (4,0%) erforderlich; RR 0,41; 95%-KI 0,13-1,30; p=0,17). Eine Aufnahme auf der Intensivstation erfolgte bei 6 (2,4%) versus 8 (3,2%) Patienten; RR 0,78; 95%-KI 0,27-2,20; p=0,79). Innerhalb von 28 Tagen starben 3 (1,2%) versus 10 (4,0%) Patienten im Krankenhaus; RR 0,31; 95-KI 0,09-1,11; S=0,09).

?In dieser randomisierten klinischen Studie mit Hochrisikopatienten mit leichter bis mittelschwerer COVID-19-Erkrankung verhinderte die Behandlung mit Ivermectin im Frühstadium der Erkrankung das Fortschreiten zu einer schweren Erkrankung nicht?, lautet das Fazit der Autoren.

Obduktionsstudie: Ältere Patienten sterben an COVID-19 ? aber selten mit der Erkrankung
Autopsien liefern wichtige Erkenntnisse zur Pathogenese von COVID-19. Deshalb wurde bereits im April 2020 das Deutsche COVID-19-Autopsieregister (DeRegCOVID) ins Leben gerufen. In The Lancet Regional Health Europe wurden jetzt neue Ergebnisse vorgestellt.

Zum Oktober 2021 umfasste das Register 1.129 Autopsiefälle mit 69.271 Einzeldaten, einschließlich Informationen zu 18.674 Bioproben. Informationen kommen von 29 deutschen Standorten.

In 1.095 analysierten Aufzeichnungen betrug das Verhältnis von Männern zu Frauen 1,8:1. Unter den Toten waren besonders oft Männer zwischen 65-69 bzw. 80-84 Jahren und Frauen über 85 Jahren. Die Analyse der Kette von Ereignissen, die direkt zum Tod führten, ergab in 86% der Autopsiefälle COVID-19, während in 14% COVID-19 nur eine Begleiterkrankung war. Die häufigste unmittelbare Todesursache war eine diffuse Alveolarschädigung, gefolgt von Multiorganversagen. An 3. Stelle folgten Superinfektionen der Lunge durch Bakterien oder Pilze."

https://deutsch.medscape.com/artikelansicht/4910873?uac=389796AZ&faf=1&sso=true&impID=4036123&src=WNL_mdplsfeat_220221_mscpedit_de#vp_4